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蒙元明时期，是新疆历史上民族大迁徙、大融合时期。蒙古的兴起及其对新疆和中亚地区的统治，打破了地区及民族间的壁垒，促进了各民族之间的大融合。在这一时期，一些古代民族消失了，一些现代民族产生了。
由于政治、经济、文化、宗教、语言等多方面的统一，塔里木盆地周围地区的众多民族逐渐融合为现代维吾尔族。经过长期的融合与发展，现代哈萨克、乌孜别克、柯尔克孜等民族也逐渐形成。
清代从其他省迁入新疆的民族
清政府统一新疆以后，新疆各民族大家庭中又增添了不少新成员。其中，从内地省区迁入新疆的主要民族有满族、锡伯族、达斡尔族、回族。
满族 族源可以追溯到商周时期的肃慎、汉晋时期的挹娄、隋唐时期的靺鞨和元明时期的女真。
公元1616年，建州女真首领努尔哈赤统一女真各部，建立“后金”政权。公元1636年，皇太极在沈阳称帝，改后金为“大清”，改族名为“满洲”。公元1644年，清军入关，夺取中央政权，定都北京，逐步统一全国。
随着清军入关和清朝统一全国，大批满族人或为官，或驻防，遍及全国各地，形成了满族与汉族及其他各少数民族杂居的局面。
公元1759年，清朝统一新疆后，在伊犁、乌鲁木齐、古城（今奇台）、巴里坤设置满营，驻防军队，并定期到塔尔巴哈台（今塔城）、喀什噶尔、英吉沙尔、叶尔羌（今莎车）、乌什、阿克苏等地换防。
清政府派驻新疆的官员，如伊犁将军以及各参赞大臣、办事大臣、领队大臣等，也主要由满族人担任。
这样，满族就成了清朝新疆的主要民族之一，而且分布地域广泛。
锡伯族 初游牧于今西拉木伦河与洮儿河之间。公元17世纪末叶以后，陆续被清政府编入满、蒙八旗，遣往东北三省及京师等地驻防。
公元1764年，为了加强和巩固边防，清政府决定从盛京（今沈阳）抽调锡伯族官兵1020名，连同家属共3275人，移驻伊犁，屯垦戍边。经过一年多的长途跋涉，于公元1765年7月20日、22日先后抵达目的地。
清政府把西迁的锡伯族官兵及其眷属安置在伊犁河南岸，也就是现在的察布查尔，并建立锡伯营。锡伯营下设8个牛录，承担着驻牧屯垦和守护台站、卡伦的职责。他们为保卫祖国西北边疆、维护国家的统一，作出了重要贡献。
达斡尔族 历史上曾经被称为“达瑚哩”、“达呼尔”，居住在黑龙江上游北岸。
公元17世纪中叶，由于沙俄的入侵，达斡尔和鄂温克被迫南迁到嫩江两岸，后被清政府编入满、蒙八旗。
清政府统一新疆以后，为了加强和巩固边防，1763年，清政府调黑龙江索伦（鄂温克）、达斡尔两部官兵1300名，携眷移驻伊犁河北岸，屯垦戍边。
索伦、达斡尔两部官兵抵达伊犁后，组成“索伦营”。索伦营下辖8个牛录，分别驻守在奎屯、霍尔果斯等地游牧屯田，守护台站、卡伦。由于“索伦营”以达斡尔人为主，只有少量的鄂温克人，所以在1954年根据本民族的意愿，将“索伦”改为达斡尔。
回族 是由信仰伊斯兰教的阿拉伯人、波斯人以及中亚各族人与汉、蒙古等民族融合而形成的一个新的民族。
元明时期，回族被称为“回回”。为了与维吾尔族相区别，清代称新疆的回族为“汉回”。
乾隆时期，新疆大兴屯垦，陕西、甘肃等地的回族居民开始移入新疆。其中有三次移民规模比较大，人数比较集中——
一是公元1777年，河州王伏林“聚众念经，拒捕伤差一案”中，受到牵连的妇女、幼童2万人被发遣到新疆，被安插在乌鲁木齐、昌吉、米泉一带。
二是公元1781年，甘、宁、青地区哲合仁耶（新教）穆斯林举行反清起义，被清政府镇压后，有大批的起义回民家属被发配到新疆伊犁。
三是公元1877年，刘锦棠将在轮台、库车一线截获的被阿古柏裹胁的乌鲁木齐、吐鲁番等地的回民及收服的白彦虎残部安置在焉耆，焉耆由此成为回族聚居较为集中的一个地区。
据新疆《三史》教育简明读本
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